喧嚣繁忙的国际大都会东京，红男绿女匆匆行走，为了理想、爱情、生计全速奔忙，不曾停下脚步。直到午夜十二点，他们才拖着疲惫的身体和步伐，来到了那间营业时间从深夜到次日一早的深夜食堂，品味永远和善寡言的老板（小林薰 饰）亲手烹制出来的美食。这些人中有过气的歌手、丧失创意的新人漫画家、对人性绝望的侦探、性格尖利的大阪女孩、久别重逢的同窗。他们恣意欢笑，剧本畅饮，绝望恚怒，悲伤哭泣，借着美食的香气和酒精的作用，深埋心底的百味情怀得以吐舒。

午夜 12 点，在繁华都市的一个小角落，一家食堂才刚刚开始营业。这家深夜食堂的老板（小林薰 饰）虽然脸上带着伤疤，却是一个温情且厨艺精湛的男人。虽然小店里的菜谱很简单，但是只要是客人想吃的都可以点，所以小店备受底层小市民的喜爱。延续第一季的风格，深夜食堂里每晚都上演一个耐人寻味的故事，每个故事的主角都有自己钟爱的一款美食。特别值得一提，第一季曾出现的红香肠再度登场，其中埋藏多年的往事随之揭晓，曾经的故人再度聚首，又展开了一个崭新的温情故事。

午夜 12 点，报时钟响起，城市的一隅，属于一家食堂的时间开始了。菜谱只有猪肉套餐，但你想吃的都可以点。这就是老板的经营方针。特殊的风格和怀念的味道，招来了不少的客人。大家喝着小酒，吃着自己钟情的食物，卸下一天的疲惫，谈论着遇到的趣事，或是独自品味忧愁。在食物的香气里，在深夜特有的幽静和食堂内的袅袅暖意间，一出出充满人情味的故事被娓娓道来。有悲有喜，暗合着食物的酸甜苦辣。人生百味，尽在这四方食堂间。